Los gobiernos, los científicos y las instituciones de investigación están utilizando la tecnología y la innovación para abordar el COVID-19.
Se han desarrollado herramientas de código abierto y algunas continúan siendo probadas para respaldar los esfuerzos que se han desplegado para minimizar los resultados de este virus mortal.
Ya existe una gama de herramientas de código abierto que ayudan a los investigadores a aprender sobre la enfermedad, identificar la propagación, prevenir la propagación y minimizar la propagación y las muertes. Una gama de proyectos está disponible en el Ecosistema de educación que describe cómo utilizar diferentes herramientas.
Este artículo analiza algunas de las herramientas y bibliotecas de código abierto que se están utilizando en el monitoreo, prevención y contención, diagnóstico y tratamiento de COVID-19.
COVID-19 Tracking Map
En enero, el Centro de Ciencia e Ingeniería de Sistemas de JHU lanzó un Mapa de seguimiento global de COVID-19 que rápidamente se convirtió en una fuente de confianza internacional de los datos de la pandemia en evolución en tiempo real.
El mapa es de código abierto y se ha utilizado para impulsar los esfuerzos de investigación y visualización de las principales organizaciones de medios, pequeñas organizaciones y gobiernos locales.
DXY-COVID-19-Crawler
DXY-COVID-19-Crawler es uno de los primeros proyectos de código abierto desarrollados para responder a COVID-19 en enero.
Los desarrolladores utilizaron datos de DXY.cn, un sitio que fue utilizado por médicos chinos para informar y rastrear casos. Desarrollaron un rastreador web que recopilaba datos del sitio y los ponía a disposición a través de una API y un almacén de datos. El código está disponible en Github.
Open Data Kit
Kit de datos abiertos (ODK) no es una herramienta nueva. Se ha utilizado antes durante los brotes de ébola en África occidental en 2004 y el brote más reciente en la República Democrática del Congo en 2019.
Ayuda principalmente a los usuarios a recopilar, gestionar y utilizar datos en el seguimiento de contactos, el mapeo estratégico, el apoyo a la toma de decisiones, la sensibilización de la comunidad y la gestión de casos.
La comunidad ODK ha avanzado aún más su uso en respuesta al COVID-19 al poner a disposición un formulario de informes en sus implementaciones. El formulario está diseñado de acuerdo con el protocolo de la Organización Mundial de la Salud para investigar casos y rastrear e investigar contactos.
Los desarrolladores principales también ofrecen soporte gratuito para cualquier organización que haya implementado el ODK en respuesta a COVID-19.
Nextstrain
Siguiente cepa rastrea la evolución de patógenos. Anteriormente se ha utilizado para determinar los antecedentes familiares de una enfermedad, lo que permite predecir la progresión de la enfermedad.
Se ha utilizado con éxito en epidemias anteriores, como el ébola. A través de datos genéticos de la Iniciativa Global para Compartir Todos los Datos sobre la Influenza (Gisaid), Nextxtrain se está utilizando para combatir el COVID-19.
DHIS2
Probablemente ya lo sepas DHIS2. Es el sistema de gestión de información sanitaria más grande del mundo. Se utiliza en más de 70 países. Como parte de la respuesta al COVID-19, DHIS2 ha lanzado un paquete de datos digitales que acelera la detección, notificación, vigilancia y tratamiento de la enfermedad.
El paquete de datos digitales DHIS2 utiliza metadatos estándar que están alineados con el protocolo de la OMS sobre la definición y vigilancia de casos de COVID-19 para permitir un despliegue y una respuesta rápidos.
Pikobar West Java
El Centro de Información y Coordinación de Enfermedades y Desastres de Indonesia es un centro de respuesta a crisis formado para mitigar y responder al COVID-19 en la provincia de Java Occidental de Indonesia.
El Servicio Digital Jabar, como parte de la respuesta, ha desarrollado un aplicación y herramienta web de código abierto que permite a los usuarios acceder a los datos más recientes de COVID-19.
OpenMRS
OpenMRS es un sistema de atención al paciente que se utiliza en muchos países en desarrollo de todo el mundo. Debido a la flexibilidad del Sistema OpenMRS, los países que han visto limitados sus recursos de atención médica pueden usarlo para la vigilancia, detección y tratamiento de COVID-19.
El sistema puede ayudarlos a expandir su capacidad brindándoles acceso a información con base científica sobre cómo enfrentar la crisis.
OpenLMIS
El Proyecto OpenLMIS hace uso de una táctica centrada en la comunidad para desarrollar un sistema de información de gestión logística ajustable y de código abierto. El sistema OpenLMIS busca mejorar la precisión de los datos, aumentar la responsabilidad, mejorar la puntualidad y visibilidad de los datos.
El sistema OpenLMIS busca mejorar las cadenas de suministro de salud, el inventario de recursos médicos para proporcionar una imagen clara de los suministros médicos disponibles, incluidos los kits de prueba y los PPE (equipo de protección personal). Esta herramienta se puede implementar de manera efectiva para ayudar a los tomadores de decisiones en la asignación de recursos como respuesta a COVID-19.
Sitios de salud
El Proyecto de mapeo mundial de sitios de salud es un proyecto destinado a mapear todos los establecimientos de salud del mundo y hacer que los detalles de cada hospital sean fácilmente accesibles. Los datos sobre los establecimientos de salud se han hecho accesibles a través de una API.
Al colaborar con los usuarios, el equipo de healthsites.io captura y valida la ubicación y los datos de contacto de cada centro de salud y hace que los datos estén disponibles y accesibles libremente a través de una licencia de datos abiertos.
SORMAS
SORMAS (Sistema de análisis y gestión de respuesta a brotes de vigilancia) es un sistema de e-salud móvil de código abierto. Se ha implementado para implementar procedimientos de control de enfermedades y gestión de brotes.
Se ha implementado eficazmente en varios países, incluidos Ghana, Nigeria, Nepal y Fiji, para la vigilancia y detección temprana de COVID-19.
SORMAS es un sistema gratuito de código abierto que sigue los estándares de protección de datos.
Tokyo COVID-19
A diferencia de muchas otras ciudades y gobiernos, el Gobierno Metropolitano de Tokio ha desarrollado un sitio web de código abierto que informa a sus residentes sobre COVID-19. Al hacerlo de código abierto, el sitio ha recibido contribuciones de más de 200 usuarios. Otras tres ciudades, Chiba, Nagano y Fukuoka, han recreado el sitio web.
OpenELIS
El propósito de la Sistema de salud OpenELIS es mejorar la atención médica proporcionando un sistema de gestión de información de laboratorio progresivo y basado en estándares que puede ser utilizado por diversas iniciativas de salud para mejorar las opciones de tratamiento.
El brote de COVID-19 ha presentado un desafío global de rastreo de contactos y pruebas masivas de casos sospechosos. El sistema OpenELIS se puede implementar de manera efectiva para abordar COVID-19 para facilitar el seguimiento de las pruebas y los resultados de laboratorio.
Community Health Toolkit
El Kit de herramientas de salud comunitaria es una colección de herramientas de código abierto, así como recursos de acceso abierto, cuyo objetivo es crear e implementar herramientas digitales para su uso en iniciativas de salud comunitaria en áreas de difícil acceso.
La comunidad de desarrolladores de Community Health Toolkit se ha movilizado para desarrollar herramientas y recursos que tienen como objetivo ayudar a los trabajadores de salud comunitarios a abordar el COVID-19.
CHIME
El Modelo de impacto hospitalario COVID-19 para epidemias (CHIME) es una aplicación de código abierto desarrollada por científicos de datos en Penn Medicine - Universidad de Pennsylvania. Es una herramienta en línea que permite a los hospitales predecir el impacto del virus en los recursos sanitarios.
Está desarrollado utilizando Python y la dependencia de código abierto de pandas.
COVID Care Map
El Mapa de atención de COVID ayuda a mapear los recursos de salud ya existentes y a pronosticar brechas en camas de hospital, ventiladores, suministros médicos y personal. Todos los métodos, herramientas de procesamiento de datos, visualizaciones y código fuente son gratuitos y de código abierto.
El proyecto COVID Care Map busca anticipar y actuar para convocar apoyo para atender eficazmente el número cada vez mayor de infecciones por COVID-19 y las personas que necesitan cuidados intensivos.
Locale.ai
Locale.ai ha desarrollado una visualización interactiva de código abierto de todos los casos confirmados de COVID-19 en todo el mundo. Consulta el conjunto de datos de código abierto de la Universidad John Hopkins.
Locale.ai desarrolló el Sitio web de visualización de COVID-19 mediante el uso de Vue.js, que es un marco popular que permite a los desarrolladores crear aplicaciones web modernas.
COVID-19 across the world
Esta aplicación hace uso de una visualización de mapa para monitorear la propagación de COVID-19, los casos confirmados y el desarrollo de la enfermedad en todo el mundo. Utiliza datos de John Hopkins CSSE.
Coronavirus tracker
Esta es una aplicación brillante desarrollada por John Coene. Realiza un seguimiento de la propagación de COVID-19 mediante el uso de datos de John Hopkins, datos DXY y Weixin. La aplicación muestra el número de casos sospechosos, confirmados y recuperados por tiempo y región. El código está disponible en Github.
COVID-19 Global Cases
Casos globales de COVID-19 es una aplicación brillante desarrollada por Christoph Schoenenberger que muestra los desarrollos de COVID-19 en un mapa, gráficos, tablas de resumen y figuras. Su código está disponible en Github.
Gobiernos y COVID-19
Esta es una aplicación Shiny desarrollada por Sebastián Engel-Wolf. Mapea el crecimiento exponencial de COVID-19, los días para duplicar las infecciones, los casos confirmados, la tasa de mortalidad y el número de casos confirmados por cada 100,000 personas en diferentes regiones. El código está disponible en Github.
Resumen
La comunidad de código abierto ha respondido rápida y eficazmente a la pandemia de COVID-19. Se han construido y se siguen construyendo muchos proyectos para hacer frente a la propagación de la enfermedad. Este artículo describe algunos de los proyectos. Aún existe incertidumbre sobre cómo progresará la enfermedad en las próximas semanas. Más proyectos que puedan aprovechar las tecnologías de código abierto existentes encontrarán un lugar en la lucha contra esta enfermedad mortal.
¡Mantenerse a salvo!
Artículo del Dr. Michael J. Garbade, CEO, Education Ecosystem
