Êtes-vous préoccupé par la conception d’un fabricant de cladogrammes à partir de la table ? Voici quelques créateurs de cladogrammes qui peuvent vous être d’une grande aide.

Lorsque nous étions enfants, nous avons tous lu en biologie que tout le monde était lié d’une manière ou d’une autre, par exemple que les singes étaient les ancêtres des êtres humains, que nous étions liés à la chaîne alimentaire, et bien d’autres choses encore.

L’arbre du cladogramme représente les relations ancestrales entre les organismes sur la base des séquences d’ADN, des traits physiques et des phénotypes. Il s’agit d’un arbre évolutif qui permet de classer chaque clade sur la base de caractéristiques similaires, de récits d’évolution et d’adaptation. L’hypothèse la plus probable est décidée sur la base des cladogrammes comparés et dessinés.

Il utilise des lignes pour représenter les directions du clade avec d’autres ancêtres ou groupes d’organismes. Il est facile de tracer les lignes jusqu’au clade de départ et au clade d’arrivée, qui représentent des ancêtres hypothétiques.

Si nécessaire, les organismes sont divisés au niveau moléculaire et morphologique à l’aide de données comportementales (pour les animaux). Les algorithmes de génération de cladogrammes sont utilisés pour effectuer des tâches d’optimisation basées sur les données d’entrée. L’objectif étant de résoudre le problème du minimum global, l’approche du recuit simulé est privilégiée et permet d’obtenir une solution optimale.

Ceci étant dit, voici la liste des outils de cladogramme pour lesquels vous pouvez opter.

Creately

Visualisez facilement les relations avec le créateur de cladogrammes Creately pour représenter les liens entre les espèces. Creately permet d’identifier et de visualiser efficacement les relations phylogénétiques. Il s’agit d’un excellent moyen de représenter diverses espèces biologiques avec des fonctionnalités telles que :

  • Des images PDF, SVG et PNG à exporter pour l’impression et le partage
  • Plusieurs modèles de diagrammes phylogénétiques et de cladogrammes
  • Visualisation facile des relations sur le canevas

Il propose des bibliothèques de formes étendues, notamment des clés dichotomiques, des réseaux alimentaires, des arbres phylogénétiques et de nombreux modèles pour le regroupement d’organismes. L’outil offre des fonctions simples de glisser-déposer pour créer des relations sans effort, avec un formatage de texte avancé et des thèmes de couleurs configurables.

Creatively offre la possibilité de glisser-déposer des images d’animaux et des connecteurs dynamiques pour développer, faire pivoter et redimensionner les diagrammes de manière transparente. Créez des cladogrammes dynamiques avec des images Google intégrées pour centraliser les données de recherche, avec un canevas infini, une recherche en texte intégral universelle, des outils intégrés et un tableau polyvalent.

Il est facile de collaborer avec d’autres personnes grâce aux curseurs en temps réel, aux sections de commentaires pour la discussion et à la vidéoconférence.

Insight Maker

Insight Maker est une forme simplifiée de construction de modèles dans les navigateurs web. Insight Maker permet de créer facilement des diagrammes en boucle et des images riches, et de réaliser des simulations pour n’importe quel besoin. Il permet de stimuler rapidement l’interaction de la population et de définir le comportement de l’agent.

Insight Maker est facile à utiliser :

  • Démarrez l’outil sur un navigateur web sans plugins ni téléchargements nécessaires
  • Placez vos idées sur le canevas pour créer des modèles de simulation, des images riches et des idées
  • Utilisez des algorithmes de simulation pour commencer avec la modélisation basée sur les agents et la modélisation dynamique des systèmes
  • Collaborez avec l’équipe et laissez-la vous envoyer ses commentaires sur les conceptions
  • Créez des modèles gratuitement et exploitez le pouvoir de la créativité

En outre, les utilisateurs peuvent se faire une idée des cladogrammes et vérifier ce sur quoi d’autres travaillent. Cela les aidera à faire un brainstorming et à trouver la meilleure solution.

Guliford

Utilisez SimpleClade avec Guliford pour réaliser une analyse cladistique idéale. Il offre une interface utilisateur graphique qui permet de concevoir une méthode de travail simple dans le cours de paléontologie. De plus, l’outil est facile à utiliser, installez le logiciel et commencez à l’utiliser immédiatement.

Les utilisateurs peuvent créer leur fichier de données CSV et commencer à générer les clades. L’ensemble du processus d’utilisation de la cellule comprend la valeur de différenciation que l’on peut apprendre rapidement. Les utilisateurs peuvent marquer la clade “UNUSED” qu’ils n’utilisent pas et saisir la valeur des autres clades.

Les utilisateurs peuvent commencer par les opérations du programme et sélectionner les nœuds qui peuvent expliquer leur requête, changer la connexion si nécessaire, calculer les statistiques de parcimonie, connecter la tige racine horizontale pour l’outgroup, et visualiser le changement d’état des traits.

IUBio

IUBio est un autre outil populaire utilisé pour réaliser des cladogrammes, des eurogrammes, des swoopogrammes, des curvogrammes, des phénogrammes et des diagrammes d’arbres. Il est facile à utiliser : téléchargez le fichier de l’arbre (ou collez l’URL), mentionnez le titre et soumettez les détails.

Les utilisateurs peuvent également sélectionner des options supplémentaires dans IUBio pour obtenir le résultat souhaité, comme l’URL de base pour les étiquettes, le style, la police, la taille, etc. Il permet également aux utilisateurs de choisir la croissance de l’arbre et la position des nœuds pour lui donner une bonne apparence.

L’outil en ligne traite de plusieurs sujets tels que Arthropods, DroSpeGe, enGenes, wFleaBase, et bien d’autres encore. Il offre un accès public aux utilisateurs en bioinformatique et en biologie moléculaire. IUBio comprend le génome de la drosophile, l’analyse des séquences, les conversions de séquences biologiques et les éditeurs pour toute utilisation.

Conclusion

Les cladogrammes réalisés à partir d’arbres permettent de représenter les lignées évolutives avec des branches et le nombre de changements génétiques pour les substitutions de nucléotides. Il est également facile de représenter les sous-stations sur la base du pourcentage de changements dans la séquence.

En outre, la structure de l’arbre doit être maintenue lorsque l’on se concentre sur les branches et les nœuds (nœuds internes et externes – feuilles et pointes). Le diagramme inclut également l’horloge moléculaire afin de déterminer les ancêtres communs ultimes.

Commencez par utiliser le marqueur de cladogramme pour obtenir les résultats souhaités.