Les gouvernements, les scientifiques et les instituts de recherche utilisent la technologie et l'innovation pour lutter contre le COVID-19.
Des outils open source ont été développés et certains continuent d'être testés pour soutenir les efforts déployés pour minimiser les conséquences de ce virus mortel.
Une gamme d'outils open source est déjà en place, aidant les chercheurs à se renseigner sur la maladie, à identifier la propagation, à prévenir la propagation et à minimiser la propagation et les décès. Une gamme de projets est disponible au Écosystème d'éducation qui décrit comment utiliser différents outils.
Cet article examine certains des outils et bibliothèques open source utilisés pour la surveillance, la prévention et le confinement, le diagnostic et le traitement du COVID-19.
COVID-19 Tracking Map
En janvier, le Centre for Systems Science and Engineering du JHU a lancé un Carte de suivi globale COVID-19 qui est rapidement devenu une source de confiance internationale pour les données en temps réel sur l'évolution de la pandémie.
La carte est open source et a été utilisée pour alimenter les efforts de recherche et de visualisation par les principales organisations médiatiques, les petites organisations et les gouvernements locaux.
DXY-COVID-19-Crawler
DXY-COVID-19-Crawler est l'un des premiers projets open source développés pour répondre au COVID-19 en janvier.
Les développeurs ont utilisé les données de DXY.cn, un site utilisé par les médecins chinois pour signaler et suivre les cas. Ils ont développé un robot d'exploration Web qui a collecté les données du site et les a rendues disponibles via une API et un entrepôt de données. Le code est disponible sur Github.
Open Data Kit
Kit de données ouvertes (ODK) n'est pas un nouvel outil. Il a déjà été utilisé lors des flambées d'Ebola en Afrique de l'Ouest en 2004 et de l'épidémie plus récente en République démocratique du Congo en 2019.
Il aide principalement les utilisateurs à collecter, gérer et utiliser des données dans la recherche des contacts, la cartographie stratégique, l'aide à la décision, la sensibilisation de la communauté et la gestion des cas.
La communauté ODK a encore avancé son utilisation en réponse au COVID-19 en mettant à disposition un formulaire de rapport dans ses déploiements. Le formulaire est conçu selon le protocole de l'Organisation mondiale de la santé pour les enquêtes sur les cas, la recherche des contacts et les investigations.
Les principaux développeurs offrent également une assistance gratuite à toute organisation qui a déployé l'ODK en réponse au COVID-19.
Nextstrain
Prochaine souche suit l'évolution des agents pathogènes. Il a déjà été utilisé pour établir les antécédents familiaux d'une maladie, permettant ainsi de prédire la progression de la maladie.
Il a été utilisé avec succès lors d'épidémies précédentes, telles qu'Ebola. Grâce aux données génétiques de l'Initiative mondiale sur le partage de toutes les données sur la grippe (Gisaid), Nextxtrain est utilisé pour lutter contre le COVID-19.
DHIS2
Vous savez probablement déjà DHIS2. Il s'agit du plus grand système de gestion de l'information sanitaire au monde. Il est utilisé dans plus de 70 pays. Dans le cadre de la réponse au COVID-19, DHIS2 a publié un ensemble de données numériques qui accélère la détection, la notification, la surveillance et le traitement de l'infection.
L'ensemble de données numériques DHIS2 utilise des métadonnées standard qui sont alignées sur le protocole de l'OMS sur la définition et la surveillance des cas de COVID-19 pour permettre un déploiement et une réponse rapides.
Pikobar West Java
Le Centre d'information et de coordination indonésien pour les maladies et les catastrophes est un centre de réponse aux crises créé pour atténuer et répondre au COVID-19 dans la province de Java occidental en Indonésie.
Le Jabar Digital Service a, dans le cadre de la réponse, développé un outil Web et application open source qui permet aux utilisateurs d'accéder aux dernières données COVID-19.
OpenMRS
OpenMRS est un système de soins aux patients utilisé dans de nombreux pays en développement à travers le monde. En raison de la flexibilité du Système OpenMRS, les pays qui ont vu leurs ressources de santé épuisées peuvent l'utiliser pour la surveillance, le dépistage et le traitement du COVID-19.
Le système peut les aider à étendre leurs capacités en leur donnant accès à des informations scientifiques sur la gestion de la crise.
OpenLMIS
Les Projet OpenLMIS utilise une tactique axée sur la communauté pour développer un système d'information de gestion logistique open-source et ajustable. Le système OpenLMIS vise à améliorer la précision des données, à accroître la responsabilité, à améliorer l'actualité et la visibilité des données.
Le système OpenLMIS vise à améliorer les chaînes d'approvisionnement en santé, l'inventaire des ressources médicales pour fournir une image claire des fournitures médicales disponibles, y compris les kits de test et les EPI (équipements de protection individuelle). Cet outil peut être déployé efficacement pour aider les décideurs à allouer des ressources en réponse au COVID-19.
Sites de santé
Les Projet de cartographie des sites de santé mondiaux est un projet visant à cartographier chaque établissement de santé dans le monde et à rendre les détails de chaque hôpital facilement accessibles. Les données sur les établissements de santé ont été rendues accessibles via une API.
En collaborant avec les utilisateurs, l'équipe healthsites.io saisit et valide l'emplacement et les coordonnées de chaque établissement de santé et rend les données librement disponibles et accessibles via une licence Open Data.
SORMAS
SORMAS (Système de gestion et d'analyse de la réponse aux épidémies de surveillance) est un système de cybersanté mobile open source. Il a été déployé pour mettre en œuvre le contrôle des maladies ainsi que les procédures de gestion des épidémies.
Il a été efficacement déployé dans plusieurs pays, dont le Ghana, le Nigeria, le Népal et Fidji, pour la surveillance et la détection précoce du COVID-19.
SORMAS est un système gratuit et open source qui respecte les normes de protection des données.
Tokyo COVID-19
Contrairement à de nombreuses autres villes et gouvernements, le Gouvernement métropolitain de Tokyo a développé un site Web open source qui informe ses résidents sur le COVID-19. En le rendant open-source, le site a vu les contributions de plus de 200 utilisateurs. Trois autres villes, Chiba, Nagano et Fukuoka, ont recréé le site Web.
OpenELIS
Le but de l' Système de santé OpenELIS est d'améliorer les soins de santé en fournissant un système de gestion des informations de laboratoire progressif et normalisé qui peut être utilisé par diverses initiatives de santé pour améliorer les options de traitement.
L'épidémie de COVID-19 a présenté un défi mondial de recherche des contacts et de dépistage de masse des cas suspects. Le système OpenELIS peut être déployé efficacement pour lutter contre le COVID-19 afin de faciliter le suivi des tests et des résultats de laboratoire.
Community Health Toolkit
Les Boîte à outils de santé communautaire est un ensemble d'outils open source ainsi que de ressources en libre accès qui visent à créer et à déployer des outils numériques à utiliser dans les initiatives de santé communautaire dans des zones difficiles à atteindre.
La communauté des développeurs de la boîte à outils de santé communautaire s'est mobilisée pour développer des outils et des ressources qui visent à aider les agents de santé communautaires à lutter contre le COVID-19.
CHIME
Les Modèle d'impact hospitalier COVID-19 pour les épidémies (CHIME) est une application open-source développée par des data scientists de Penn Medicine - University of Pennsylvania. Il s'agit d'un outil en ligne qui permet aux hôpitaux de prédire l'impact du virus sur les ressources de santé.
Il est développé en utilisant Python et la dépendance open-source pandas.
COVID Care Map
Les Carte de soins COVID aide à cartographier les ressources de santé déjà existantes et à prévoir les lacunes dans les lits d'hôpitaux, les ventilateurs, les fournitures médicales et le personnel. Toutes les méthodes, outils de traitement de données, visualisations et code source sont gratuits et open-source.
Le projet COVID Care Map cherche à anticiper et à agir pour obtenir du soutien afin de soigner efficacement le nombre croissant d'infections au COVID-19 et celles qui ont besoin de soins intensifs.
Locale.ai
Locale.ai a développé une visualisation interactive open source de tous les cas confirmés de COVID-19 à travers le monde. Il interroge l'ensemble de données open-source de l'Université John Hopkins.
Locale.ai a développé le Site Web de visualisation COVID-19 par l'utilisation de Vue.js, qui est un framework populaire qui permet aux développeurs de créer des applications Web modernes.
COVID-19 across the world
Cette application utilise une visualisation cartographique pour surveiller la propagation du COVID-19, les cas confirmés et le développement de la maladie à travers le monde. Il utilise les données de John Hopkins CSSE.
Coronavirus tracker
Il s'agit d'une application Shiny développée par John Coene. Il suit la propagation du COVID-19 à l'aide de données de John Hopkins, de données DXY et de Weixin. L'application affiche le nombre de cas suspects, confirmés et récupérés par heure et par région. Le code est disponible sur Github.
COVID-19 Global Cases
Cas mondiaux COVID-19 est une application Shiny développée par Christoph Schoenenberger qui montre les développements du COVID-19 sur une carte, des graphiques, des tableaux récapitulatifs et des figures. Son code est disponible sur Github.
Gouvernements et COVID-19
Ceci est une application Shiny développée par Sébastien Engel-Wolf. Il cartographie la croissance exponentielle du COVID-19, les jours pour doubler les infections, les cas confirmés, le taux de mortalité et le nombre de cas confirmés pour 100,000 XNUMX personnes dans différentes régions. Le code est disponible sur Github.
Récapitulation
La communauté open source a réagi rapidement et efficacement à la pandémie de COVID-19. De nombreux projets ont été construits et continuent de l'être pour lutter contre la propagation de la maladie. Cet article décrit certains des projets. Il y a encore des incertitudes quant à l'évolution de la maladie dans les semaines à venir. Davantage de projets pouvant exploiter les technologies open source existantes trouveront leur place dans la lutte contre cette maladie mortelle.
Reste en sécurité!
Article du Dr Michael J. Garbade, PDG, Ecosystème de l'éducation
